Shinobi erzählt die Geschichte von Jiro Musashi, dem Anführer des Oboro-Klans und Vater von Joe Musashi, dem Helden aus den ersten Teilen von Shinobi. Die Spieler werden zu wahren Ninja-Legenden, indem sie ein brandneues Kombo-System meistern müssen, bei dem zwischen Nahkampf, Fernkampf und akrobatischen Angriffen gewechselt wird. Außerdem können sie auch diesmal Jiros Ninja-Magie einsetzen - für spektakuläre Angriffe in der dritten Dimension!